V západní skupině místo Benešova Tábor
I když se do květnového termínu přihlásila všechna mužstva, která druhou ligu hrála v loňské sezoně, tak už na aktivu se šířily zvěsti, že některé celky jednají o prodeji licence. Nejvíce se hovořilo o Benešovu a Uherském Hradišti.
Středočeši předložili k 16. červnu doklad o převodu licence do Moravských Budějovic, tento dokument nemohl být uznán, protože doklad obsahoval formální chyby, ale oba týmy chyby již odstranily a licence již oficiálně patří Moravským Budějovicím. Uherské Hradiště k 16. červnu oznámilo, že do soutěže nenastoupí. Další změnou je nezařazení týmu Trutnova do druhé ligy z důvodu neuhrazeného startovného.
Druhou ligu si tedy zahraje 30 týmů, které jsou rozděleny do tří skupin po deseti. Z důvodu těchto změn se mění i složení skupin. Do skupiny Západ se přesunuje staronový nováček z Tábora. Moravské Budějovice premiérovou sezonu stráví ve skupině Střed.
Systém soutěže zůstává téměř stejný. Ve skupině Západ a Střed odehraje každý s každým čtyři zápasy (dva doma, dva venku). Na Východě se bude hrát trochu jinak. Po určitém úseku základní části se v tabulce sousedící týmy utkají doma a venku. To znamená první s druhým, třetí se čtvrtým atd. K tomu dojde dvakrát, zbývající dva zápasy odehrají proti sobě regionální rivalové, a to z důvodu divácké atraktivity.
Složení skupin druhé ligy pro sezonu 2012/2013
Západ: Bílina, Děčín, Jablonec nad Nisou, Klatovy, Klášterec nad Ohří, Kobra Praha, Milevsko, Řisuty, Sokolov, Tábor.
Střed: Břeclav, Hodonín, Chotěboř, Jindřichův Hradec, Kolín, Moravské Budějovice, Nymburk, Pelhřimov, Technika Brno, Žďár nad Sázavou.
Východ: Frýdek-Místek, Havířov, Karviná, Nový Jičín, Opava, Poruba, Prostějov, Přerov, Valašské Meziříčí, Vsetín.
